Le Autorità accademiche dell’Istituto Universitario Sophia sono personali e collegiali. Sono Autorità personali: il Gran Cancelliere, il Vice Gran Cancelliere e il Preside dell’Istituto. Sono Autorità collegiali: il Senato dell’Istituto e il Consiglio di Sede.

Il Gran Cancelliere dell'Istituto è l'Arcivescovo Metropolita di Firenze, Card. Giuseppe Betori.

Il Gran Cancelliere rappresenta la Santa Sede presso l'Istituto e questo presso la Santa Sede, ne promuove l'identità, la finalità e lo sviluppo.

Il Vice Gran Cancelliere dell'Istituto è la Presidente del Movimento dei Focolari, Dott.ssa Maria Voce. Primo compito del Vice Gran Cancelliere è far sì che l'Istituto si sviluppi in conformità alla natura e alle finalità sue proprie e vigilare sulle scelte compiute dai suoi organi.

Il Preside dell'Istituto è il Prof. Piero Coda.

Il Preside assicura e promuove la comunione fra i membri della comunità accademica, governando direttamente e rappresentando l’Istituto. E' nominato per un quadriennio e può essere rieletto consecutivamente una sola volta.